Byblos godeva di una posizione geografica eccellente. Secondo il geografo del IV secolo d.C., Strabone, la città era situata su un’altura non lontana dal mare. La sua posizione era ideale per il commercio, in quanto le rotte commerciali provenienti da nord e da sud si incrociavano qui. La città era costruita su un promontorio, alle cui spalle le montagne del Libano si avvicinavano al mare, offrendo un facile accesso alle foreste di cedro, molto apprezzate per il legno, e alle riserve di rame. Sui lati del promontorio si trovavano baie che fungevano da porti naturali, con il porto maggiore situato a sud. Sul lato settentrionale si trovava la città alta, o acropoli, che ospitava i palazzi e i templi. Nonostante le dimensioni modeste, i porti di Byblos erano abbastanza efficienti per gestire il traffico di merci in entrata e in uscita, che includeva vino e olio cananei, oltre all’essenziale legname.
Un aspetto significativo della storia di Byblos è che vi si trova il primo esempio conosciuto di alfabeto fenicio (risalente al 1000 a.C.) scolpito sul sarcofago del re Ahiram di Byblos. Inoltre, la città conserva numerose testimonianze dei suoi contatti con l’antico Egitto, tra cui artefatti con iscrizioni che riportano i nomi di faraoni di vari periodi.
Intorno al 2300 a.C., Byblos subì un’interruzione del commercio a causa delle invasioni delle tribù degli Amorrei, provenienti dal deserto e intenti a saccheggiare la pianura costiera. Tuttavia, la città riuscì a riprendersi rapidamente e conobbe un periodo di grande prosperità, che durò fino all’arrivo dei Popoli del Mare nel XIII secolo a.C. Con l’inizio dell’Età del Ferro (1200-586 a.C.), Byblos entrò nel periodo fenicio, caratterizzato dalla fusione tra i Cananei costieri e i Popoli del Mare. Dopo il 1000 a.C., Byblos non fu mai completamente indipendente, sottoponendosi a diverse potenze dominanti come Assiria, Babilonia e Persia.
Byblos mantenne sempre la priorità sul commercio, sottomettendosi di volta in volta agli invasori, tra cui Alessandro Magno, a cui la città si arrese e fu risparmiata. Dopo la conquista di Alessandro, Byblos iniziò lentamente ad adottare la cultura e la lingua greche. L’arrivo dei Romani nel 64 a.C. portò tre secoli di pace e prosperità, durante i quali furono costruiti templi, teatri e bagni pubblici.
Sotto il dominio bizantino, Byblos vide l’introduzione di un vescovo cristiano, anche se poche testimonianze archeologiche rimangono di questo periodo. Nel 636 d.C., la città passò sotto il controllo arabo e rimase sotto il dominio islamico fino all’arrivo dei crociati nel 1104. Intorno al 1215, i crociati costruirono la Chiesa di San Giovanni Battista, che esiste ancora oggi. Successivamente, nel 1289, la città si arrese ai Mamelucchi e nel XV secolo passò sotto il controllo dei Turchi Ottomani, periodo durante il quale Jebeil divenne un oscuro porto di pescatori.