Nonostante le persecuzioni, la chiesa fiorì. Nel III secolo si formò la gerarchia ecclesiastica, con il patriarca di Alessandria come figura più alta, seguita da vescovi, sacerdoti e monaci che risiedevano nei deserti orientali e occidentali. La Scuola Catechetica di Alessandria divenne il centro del pensiero cristiano e teologico, succedendo all’antica biblioteca e al museo, famosi in tutto il mondo antico anche prima dell’avvento del cristianesimo. La biblioteca, fondata da Tolomeo Sotere nel 323 a.C., conteneva milioni di rotoli di papiro e rappresentava l’intero sapere dell’antichità. La scuola catechetica divenne uno dei principali centri di istruzione cristiana e attrasse studiosi da ogni parte del mondo.
Tra i primi rettori della scuola si annovera Panteno (morto nel 190 d.C.), che guidò un’istituzione che annoverava tra i suoi insegnanti personalità come Atenagora, Clemente, Didimo e Origene. Origene, vissuto intorno al 215 d.C., fu un grande filosofo e teologo, autore di oltre 6.000 commentari sui testi biblici. Viene ricordato come il padre della teologia cristiana. Didimo il Cieco, che perse la vista a quattro anni, è un altro esponente di rilievo: padroneggiò grammatica, retorica, filosofia, musica, matematica e memorizzò i testi sacri. Inventò un sistema di scrittura in rilievo, anticipando di 1.500 anni il sistema Braille.
Durante il periodo di persecuzione sotto Diocleziano, la Chiesa copta dovette affrontare anche la minaccia dell’eresia ariana, che negava la divinità di Cristo sostenendo che l’uomo ha avuto un inizio, mentre Dio è eterno. Sebbene l’arianesimo fosse condannato, la dottrina si diffuse in molte aree prima che Costantino il Grande intervenisse. Il Concilio di Nicea, convocato nel 325 d.C., fu il primo concilio ecumenico a cui parteciparono oltre 300 vescovi dell’Oriente. L’eresia ariana venne dibattuta e alla fine si redasse il Credo di Nicea, che fu unanimemente adottato dal Concilio di Costantinopoli del 381 d.C.
Un altro aspetto fondamentale del cristianesimo copto è il suo contributo alla nascita del monachesimo cristiano. Il monachesimo, che ebbe origine già nella seconda metà del III secolo, si diffuse rapidamente in tutto il mondo cristiano. Il monachesimo copto si articolava in tre livelli: l’eremitismo antoniano, fondato da Sant’Antonio, che prevedeva una vita di isolamento e austerità; una seconda fase di insediamenti di monaci in comunità, dove vivevano separatamente durante la settimana ma si riunivano per la preghiera e l’insegnamento nei fine settimana; e infine il cenobitismo pachomiano, fondato da Pachomio, che organizzava la vita monastica con una severa disciplina militare.
La Chiesa Copta non si limitò all’Egitto ma si impegnò attivamente nell’opera missionaria in molte parti del mondo, inclusi l’Africa, l’Arabia, la Persia, l’India e l’Europa. Il cristianesimo copto fu diffuso anche nelle Isole Britanniche molto prima dell’arrivo di Sant’Agostino di Canterbury. Frumenzio e Edesio, due missionari copti, furono i responsabili della conversione dell’Etiopia al cristianesimo nel 559 d.C.
La conquista araba dell’Egitto nel 642 d.C. segnò una svolta importante per i copti. Sebbene essi potessero continuare a praticare la loro religione, furono soggetti alle restrizioni imposte dalla legge islamica. Con il tempo, molte persone si convertirono all’Islam, e verso la fine del XII secolo l’Egitto divenne prevalentemente musulmano. Tuttavia, nonostante le difficoltà, la Chiesa copta sopravvisse e oggi conta circa 40 milioni di fedeli in tutto il mondo.